Vaginale Suppositorien werden zur Behandlung gynäkologischer Erkrankungen wie einer Soorkolpitis, aber auch zur Linderung von Miktionsbeschwerden wie der Stressinkontinenz eingesetzt, die durch einen Mangel an Östrogenen und eine damit bedingte Atrophie der Scheidenhaut sowie darunter liegender bindegewebiger Strukturen entstehen können. Des Weiteren können spermizide Zäpfchen zur Empfängnisverhütung eingesetzt werden.
Eine Sonderform des Zäpfchens ist das potenzfördernde Mittel Alprostadil zur Behandlung der erektilen Dysfunktion, das auch als Zäpfchen in die Harnröhre eingeführt werden kann.